2004 m. muziejaus fondus praturtino Josifo Šapiro archyvas, padovanotas jo sūnaus Izaoko Šapiro. Kolekcininkas ir ekslibristas Josifas Šapiro (1921 – 2004) gimė Kaune. Jis buvo inžinierius, ilgą laiką dirbo Lietuvos poligrafijos įstaigose. Nors Šapiro nebuvo  profesionalus dailininkas, tačiau jis sukūrė apie 175 ekslibrius, skirtus savo draugams ir artimiesiems, reguliariai dalyvavo daugelyje ekslibristų kongresų ir suvažiavimų.

Labiausiai Šapiro išgarsėjo kaip įvairių objektų kolekcininkas. Apie jo,  kolekcininko veiklą rašė ne tik Lietuvos, bet ir JAV, Rusijos, Suomijos šalių spauda. Savo įvairių objektų kolekcijas Šapiro eksponavo Lietuvos, Rusijos ir kitų užsienio šalių miestuose. Už kolekcininko veiklą jis ne kartą buvo apdovanotas įvairiais medaliais ir garbės raštais.

Josifo Šapiro archyvo eksponatus galima suskirstyti į kelias grupes: ekslibriai; daiktai; knygos, plakatai, afišos ir rankraščiai; fotonuotraukos, negatyvai ir atvirukai; vaizduojamoji ir taikomoji-dekoratyvinė dailė.

Didžiausia ir vertingiausia ekslibrių kolekcija. Šapiro surinko tūkstančius ekslibrių, kurių dalis yra žydų tematikos. Tai bene didžiausia pasaulyje asmeninė ekslibrių kolekcija. Kolekcininkas susirašinėjo ir keitėsi ekslibriais su maždaug 300 korespondentų, todėl šioje kolekcijoje galima rasti ekslibrių iš įvairių pasaulio šalių: Bulgarijos, Čekijos, Estijos, Italijos, Latvijos, Rumunijos, Rusijos, Suomijos, Ukrainos, Vengrijos, Vokietijos ir kt. Didžiausia, žinoma, yra Lietuvos dailininkų ekslibrių kolekcija.

Aktuali Šapiro sukaupta knygų, skirtų Lietuvos ir pasaulinei grafikai, kolekcija, kurią sudaro knygos,  albumai, parodų katalogų. Yra knygų ir jidiš kalba.

Šapiro taip pat kolekcionavo pašto ženklus, atvirukus, degtukų dėžučių etiketes, stiklo gaminius, akmenis, monetas ir kitus daiktus.